Halo 2 erschien am 9. November 2004 in den USA und am 11. November 2004 im Rest der Welt, exklusiv für die Microsofts Xbox. Das Spiel verkaufte sich bereits am Erscheinungstag 3,5 Millionen mal. Microsoft kündigte im Februar 2006 eine PC-Version an, die offiziell allerdings nur unter Microsofts Betriebssystem Windows Vista betriebsfähig ist - angeblich um die 64-Bit Engine des neuen Betriebssystems auszunutzen. Doch wenige Tage nach Release haben Hacker das Spiel auch auf Windows XP starten können. Der Release war in den USA am 8. Mai 2007 und in Europa zehn Tage später am 18. Mai 2007. Halo 2 auf PC ist über „Games for Windows Live“ nicht mit der Xbox kompatibel. Die PC-Version erhielt jedoch lange nicht so gute Wertungen wie die ursprüngliche Xbox-Variante, da das Spiel technisch immer noch auf Xbox-Niveau geblieben war.

In Halo 2 wird die Erde von der Allianz angegriffen. Später wird eine zweite Ringwelt entdeckt, außerdem schickt die Allianz ein Blutsväterschiff von „High Charity“ (diente dort als eine Art Energiequelle) zur Erde (wo es ein Portal zur Arche gibt ). Anders als im Vorgänger kann man nun auch auf Seiten der Allianz kämpfen, nämlich mit dem von den Propheten ernannten Gebieter. Dieser sieht im späteren Verlauf des Spiels, was der eigentliche Zweck Halos ist und stoppt zusammen mit einigen anderen Eliten und Menschen die Zündung Halo Deltas (Einrichtung 05). Der Master Chief taucht währenddessen mit dem Blutsväterschiff, in dem sich auch der oberste Prophet (Prophet der Wahrheit) befindet, bei der Erde auf. Die Blutsväter, erstmals genannt in „Halo: Kampf um die Zukunft“ im Kontrollraum Halos, die mit ihren zahlreichen Gebilden und Einrichtungen auf den Ringwelten einen großen Einflussbereich in und vielleicht auch über die Galaxie hinaus geschaffen haben; in beiden Spielen wird allerdings niemals von dem Verbleib der Blutsväter erzählt, die Bücher lassen jedoch erahnen, dass die Reclaimer („Zurückkehrer“), wie der Illuminat der Einrichtung 343 Guilty Spark die Menschen nennt, die Nachfahren der Blutsväter sind. Außer den Gebäuden auf den Ringwelten und dem Gebilde welches „Arche“ genannt wird, sowie dem Planeten „Onyx“, der im vierten Halo-Taschenbuch Erwähnung findet, gibt es keinerlei Bezugspunkte auf ihre Kultur. Wahrscheinlich sind die Menschen die indirekten Blutsväternachfahren auf Grund der Tatsache, dass Tartarus (ein Brute-Anführer) im 2. Teil Keyes Tochter braucht um Halo Delta zu aktivieren.

Die endgültige Aktivierung wurde rechtzeitig gestoppt, aber die anderen fünf Haloringe wurden kontaktiert. Nur mit der Arche, können die Ringe endgültig aktiviert oder deaktiviert werden. Denn die Arche dient als Kontrollstation aller Halos, es wurde sogar spekuliert, ob die Arche selbst neben der vorherigen Möglichkeit ein Halo selbst ist. Die Allianz hegt eine Art religiöse Anbetung oder Verehrung gegenüber den Blutsvätern und führt, geleitet von den Propheten, einen Feldzug gegen die Menschheit. Die Propheten sind direkte Nachfahren einer Rasse, die zur Zeit der Blutsväter existierten, weshalb sie die Oberhäupter der Allianz sind. In der Allianz bricht imlaufe von Halo2 ein Bürgerkrieg zwischen Propheten, Brutes (Bärenhafte Aliens), Drohnen (Fluginsekten ähnliche Aliens) und Schakalen (Vogelhafte Aliens, mit Schutzschilden) auf der einen und den Eliten, den Grunts sowie den riesigen Jägern auf der anderen Seite aus. Der heilige Krieg gegen die Menschheit wird aber im vierten Band der Buchreihe vorgesetzt.